En Honshu, Shikoku y Kyushu habitan muchos animales que también viven en otras zonas del templado hemisferio septentrional. Entre ellos están los osos negros, hurones, jabalíes, tanuki (o perro-mapache) y aves como faisanes, halcones, patos y grullas.
Entre las especies endémicas del país nipón encontramos el macaco japonés así como la salamandra gigante. En el nevado Tohoku (norte de la isla de Honshu) este adaptable macaco no sólo ha desarrollado el gusto de revolcarse en las aguas termales, sino también un pelaje más espeso para soportar las bajas temperaturas. Entre los animales del territorio sub ártico de Hokkaido están las martas y los zorros rojos, así como los osos pardos, que con sus dos metros de altura y sus 400 kilos de peso, doblan en tamaño a sus homólogos de Honshu. Okinawa cuenta con el gato montés iriomote, la liebre amami y la víbora habu, además de otras especies únicas.
Las poblaciones de animales y aves de Japón, a menudo cazadas y expulsadas de sus hábitats a causa de la urbanización del campo, han descendido paulatinamente. Las medidas de conservación protegen 136 especies amenazadas, pero para el gato montés iriomote (considerados por los zoólogos un fósil viviente) puede que ya sea demasiado tarde.
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